Hay ocasiones en las que esta corriente no llega a emerger y los vientos del norte llevan aguas calientes hacia el sur. Cuando esto sucede, una corriente cálida, que se conoce con el nombre de El Niño, reemplaza a la habitual corriente de Humboldt; El Niño constituye una extensión de la corriente ecuatorial y provoca un ascenso de la temperatura de las aguas superficiales de unos 10 °C. Esto supone una disminución del plancton que se desarrolla en la corriente más fría y, por consiguiente, una catástrofe para la industria pesquera y para la supervivencia de las aves marinas de la zona.
La Corriente de Humboldt a lo largo de sus 4000 km de extensión no está constituida por un único flujo, sino que está dividida en una rama costera y otra oceánica, que alcanzan una profundidad aproximada de 300 y 400 m respectivamente, razón por la cual frecuentemente se habla del Sistema de la Corriente.
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